Voor zover wij weten hebben de eerste generaties Joden zich in de Nederlanden gevestigd in de 13e en 14e eeuw. Van eerdere aanwezigheid van Joden in dit gebied is niets bekend. Deze vestiging vond vooral plaats in het Zuiden en Oosten. Omdat het uitlenen van geld de belangrijkste inkomstenbron was voor de Joden, kwamen ze praktisch alleen maar voor in verstedelijkt gebied. Omstreeks 1350 was de Joodse minderheid abrupt verdwenen uit de Nederlanden.
Het verdwijnen van de joden rond 1350 heeft te maken met de grote pestuitbraak van 1349 die vanuit Centraal-Azië de Nederlanden bereikte en hier tot aanzienlijke sterfte leidde. Deze pestuitbraak en de geruchtenstroom die er aan vooraf ging, zorgden – net als elders in het Duitse Rijk en ook in andere delen van Europa – voor paniek en verschijnselen van crisis. Tot die verschijnselen behoorden onder andere het rondtrekken van groepen flagellanten en zware vervolging (‘Judenbrennen’) van de Joodse minderheid, waardoor in 1350 praktisch geen Joden meer voorkwamen in het gebied van de Nederlanden. In de historische traditie zijn deze drie fenomenen altijd in oorzakelijke zin met elkaar in verband gebracht: er stierven hier rond 1349 uitzonderlijk veel mensen aan de pest, de Joden kregen de schuld van deze pest en de rondtrekkende flagellanten speelden een belangrijke rol in het vervolgen en vermoorden van de Joden. Dit alles werd geacht zich in een kort tijdsbestek te hebben voltrokken. Christoph Cluse noemt dit de ‘geselbroederthese’.
Bij de bestudering van de chronologie van de voortgang van de pest in het toenmalige Duitse gebied, viel op dat in bijna alle onderzochte gebieden bij de daadwerkelijke uitbraak van de pest de Joden al vermoord waren (bijna altijd door verbranding) en de flagellanten vertrokken. Onder andere František Graus, Alfred Haverkamp, Samuel K. Cohn jr. en Cluse concludeerden dat de oorzaken van de Jodenvervolgingen zeer waarschijnlijk elders lagen en dat de flagellanten hooguit een bijrol vervulden.
Ondanks de ernstige kritiek van bovengenoemde auteurs bleef de geselbroederthese standhouden. Deze traditionele opvatting werd bijvoorbeeld recent nog gehuldigd door Ben Speet, overigens alleen waar het de vervolging in de Zuidelijke Nederlanden betreft. In het Duitse taalgebied verdedigt Peter Herde de traditionele opvatting. Hoewel de laatste decennia veel onderzoek is verricht naar de geschiedenis van de Joden in het Heilige Roomse Rijk in het algemeen en in de Nederlanden in het bijzonder, lopen de meningen over de verbanden tussen pest, flagellanten en Jodenvervolging dus nog steeds uiteen.
